История Военно-медицинского института берет свое начало 6 июня 1995 г., когда совместным приказом Министра обороны Республики Беларусь и Министра здравоохранения Республики Беларусь по согласованию с Министром образования Республики Беларусь был образован Военно-медицинский факультет на базе военной кафедры Минского государственного медицинского института и 71 Интернатуры медицинского состава Белорусского военного округа.
Начальники военно-медицинского факультета
Полковник медицинской службы в отставке Гусев Сергей Григорьевич возглавлял военно-медицинский факультет в период с 6 июня 1995 г. по 12 сентября 2003 г. Выпускник военно-медицинского факультета при Саратовском медицинском институте (1976 г.). Проходил службу на различных должностях: от начальника медицинского пункта до начальника медицинской службы. Выполнял интернациональный долг в составе Ограниченного контингента советских войск в Демократической Республике Афганистан (1986 – 1987 гг.). В период с октября 1992 г. по июнь 1995 г. возглавлял военную кафедру МГМИ, а с 6 июня 1995 г. возглавлял военно-медицинский факультет на базе МГМИ.
Заслуженный врач Республики Беларусь, доктор медицинских наук, профессор, полковник медицинской службы в отставке Шнитко Светослав Николаевич возглавлял военно-медицинский факультет в период с 10 сентября 2003 г. по 30 июня 2015 г.). Выпускник военно-медицинского факультета при Куйбышевском государственном медицинском институте (1983 г.), факультета руководящего медицинского состава Венно-медицинской ордена Ленина Краснознаменной академии им. С.М.Кирова (г. Санкт-Петербург). Является главным редактором журнала «Военная медицина», членом Научно-методического совета УО «БГМУ», председателем Республиканской учебно-методической комиссии по военно-медицинским дисциплинам, членом Совета УО «БГМУ», членом совета по защите диссертаций при УО «БГМУ», членом Экспертного Совета ГКНТ, а также Действительным членом Академии Военных наук Российской Федерации. Отмечен знаком «Отличник здравоохранения Республики Беларусь».
Полковник медицинской службы запаса, доктор медицинских наук, профессор Богдан Василий Генрихович возглавлял военно-медицинский факультет в период с 7 сентября 2015 г. по 29 апреля 2022 г. Выпускник лечебного факультета Минского ордена Красного Знамени государственного медицинского института (1997 г.), ГУО «Белорусская академия последипломного образования» (2008 г.). Лауреат премии Национальной академии наук Беларуси (2007 г.), стипендии Президента Республики Беларусь для молодых талантливых ученых (2008, 2015 г.). Отмечен знаком «Отличник здравоохранения Республики Беларусь» (2013 г.). Автор и соавтор более 350 научных и научно-методических работ, 43 патентов Республики Беларусь на изобретение и 36 рационализаторских предложений. Является академиком-секретарем отделения медицинских наук Национальной академии наук.
В настоящее время военно-медицинский институт возглавляет полковник медицинской службы Чернов Денис Анатольевич.