Открытие фармацевтического факультета состоялось 01.09.2011 года на основании приказа Министра здравоохранения Республики Беларусь «Об открытии в учреждении образования «Белорусский государственный медицинский университет» специальности 1-79 01 08 «Фармация» от 02.09.2010 № 905 и приказа Министра здравоохранения Республики Беларусь от 12.11.2010 № 1221 «Об открытии подготовки специалистов» согласованных с Министерством образования Республики Беларусь.
Приказом по учреждению образования «Белорусский государственный медицинский университет» № 335 от 25.07.2011 «Об открытии обучения по специальности 1-79 01 07 «Фармация» обязанности декана были возложены на доктора биологических наук, профессора Наталию Сергеевну Гурину. Заместителями декана были назначены Каленик (Волочник) Мария Валерьевна и Таксер Марина Александровна по 0,5 ставки; методистом деканата – Виноградова Татьяна Ивановна.
Были созданы все организационные структуры факультета–Совет, учебно-научно-методическая комиссия, старостат.
За факультетом были закреплены кафедры медицинской и биологической физики, иностранных языков, в 2011 году была создана кафедра организации фармации под руководством профессора Н.С. Гуриной. На этой первой профильной кафедре студенты изучали фармацевтическую этику, историю фармации, фармацевтическую ботанику и проходили пропедевтическую практику. Остальные дисциплины 1 и 2 курса преподавались на общеуниверситетских кафедрах.
Первый набор 2011 года составил 100 человек на дневную форму получения образования (60 – на бюджетной и 40 – на внебюджетной основе). Первый выпуск в 2016 году составил также 100 человек.
Базами практик стали аптеки РУП «Белфармация», больничные аптеки учреждений здравоохранения Минского городского комитета по здравоохранению, РУП «Белмедпрепараты», Центральный ботанический сад НАН Беларуси, а часть занятий проходили на площадях аптеки №74 и аптеки-музея №88 РУП «Белфармация».
В 2012 году открыт набор на заочную форму получения образования.
В этом же году открыта магистратура по двум специальностям: «фармацевтическая химия, фармакогнозия» и «технология лекарств и организация фармацевтического дела».
C 01.09.2013 – открыта кафедра фармацевтической технологии и химии на площадях учебного корпуса № 2 по пер. Асаналиева.
В 2013 году состоялась первый набор на цикл повышения квалификации «Фармацевтическая деятельность в современных условиях», на котором уже в первый год повысили квалификацию около 250 провизоров.
Сегодня на факультете функционирует несколько циклов, которые посещают около 400 слушателей в год.
В 2014 факультет успешно прошел аккредитацию в Департаменте контроля качества образования Министерства образования Республики Беларусь; в 2015 году аккредитована магистратура.
С 01.09.2016 г. произошло разделение кафедры фармацевтической технологии и химии на две: фармацевтической технологии и фармацевтической химии, которые разместились в учебном корпусе № 2.
С 01.09.2018 г. Высшей Аттестационной комиссией разрешено открытие аспирантуры и докторантуры по специальности 14.04.01 - Технология получения лекарств. Фармацевтическая химия, фармакогнозия. Организация фармацевтического дела.
На сегодня на факультете функционирует 5 кафедр, 3 из которых являются выпускающими. В 2018 году факультет стал территориально целостным и разместился в новом лабораторном корпусе, в оформлении которого приняло участие РУП «Управляющая компания холдинга «Белфармпром».
Решением Минского районного исполнительного комитета университету выделено 25 га земли в деревне Новое поле Горанского сельсовета Минского района, получено свидетельство о Государственной регистрации указанного участка. C 01.05.2019 года создано новое структурное подразделение - учебно-опытное поле университета, где проходят практику студенты 1-3 курсов фармацевтического факультета, а также научные исследования по агрокультуре лекарственных растений, влиянию факторов среды на накопление биологически активных веществ.
Факультет имеет договора о сотрудничестве с Санкт-Петербургским химико- фармацевтическим университетом, Московским медицинским университетом имени Сеченова, Кишиневским медицинским университетом имени Тестемицану, Белостокским медицинским университетом, на основании которых проходит обмен преподавателями и студентами для прохождения практики и выполнения научных исследований.
Современный фармацевтический факультет выполняет весь объем образовательной и научной деятельности, необходимый для подготовки квалифицированных специалистов с высшим фармацевтическим образованием.