Медицинская деятельность сотрудниками кафедры инфекционных болезней осуществляется прежде всего в УЗ «Городская клиническая инфекционная больница» г. Минска. Больница является клинической базой со дня основания кафедры. Сотрудники кафедры консультируют все отделения больницы согласно Договору о сотрудничестве. Ежедневные консультации и еженедельные обходы проводятся в закрепленных отделениях больницы профессорами и доцентами кафедры, ассистенты курируют пациентов в нескольких отделениях.
В состав УЗ «ГКИБ» входят два амбулаторно-поликлинических подразделения: Консультативно-диспансерное отделение по ВИЧ-инфекции и Минский городской центр инфекционной гепатологии с консультативно-диспансерным кабинетом вирусных гепатитов, где также консультируют сотрудники кафедры.
Большой и важной частью работы сотрудников кафедры является консультативная работа за пределами клинической базы в рамках ГУ «Республиканский центр организации медицинского реагирования». Работа осуществляется в режиме нон-стоп, днем и ночью оказывается консультативная помощь врачам, которые столкнулись с трудностями в постановке диагноза или лечении пациентов с инфекционной или неинфекционной патологией как в г. Минске, так и по всей стране.
Пандемия коронавирусной инфекции внесла свои коррективы не только в интенсивность консультативного процесса, но и изменила его формы. Сотрудники кафедры продолжают консультировать акушеров-гинекологов в формате телемедицины для предупреждения конгенитальных инфекций и инвазий (токсоплазмоз, герпетическая инфекция, вирусные гепатиты). Осуществляется дистанционное консультирование учреждений здравоохранения Республики Беларусь по вопросам инфекционной патологии и дифференциальной диагностики.
Непосредственная работа с амбулаторными пациентами проводится в Профессорско-консультационном центре УО «БГМУ», где консультируют самые опытные сотрудники кафедры.