Родился в с. Велятичи Борисовского уезда, Минской губернии в семье бухгалтера, уроженца Латвии. После учебы в приходской школе, в 1913 г. учился в Минском казенном коммерческом училище, частной гимназии. В 1922 г. окончил школу второй ступени и поступил на медицинский факультет БГУ.
С 1926 г. работает препаратором на кафедре гистологии. В 1927 г. окончил медицинский факультет БГУ и был зачислен в аспирантуру по гистологии и эмбриологии и был командирован в г. Ленинград для участия в работе III Всероссийского съезда зоологов, анатомов и гистологов.
В 1931 г. был зачислен на должность ассистента кафедры гистологии и биологии. Одновременно с этим с 1932 г. работал младшим, а затем старшим научным сотрудником института психоневрологии АН БССР. В 1934 г. он утверждаен в звании доцента кафедры гистологии и биологии.
В 1935 г. защитил диссертацию «Развитие желудка млекопитающих», а в 1936 г. - присуждается ученая степень доктора медицинских наук. В 1937 г. - присваивается ученое звание профессора, после чего Герке был утвержден заведующим кафедрой гистологии и эмбриологии БГМИ.
В 1944 г. по вызову Министерства здравоохранения БССР П.Я. Герке вернулся в Минск, где приступил к заведованию кафедрой гистологии и эмбриологии. В 1946 г. он был назначен деканом лечебного факультета МГМИ.
В 1949 г. Герке назначен заместителем директора Минского государственного медицинского института по учебной и научной работе, а в марте 1951 г. был избран действительным членом Академии наук Латвийской ССР. После переезда в г. Ригу - был назначен на должность заместителя директора по научной части НИИ экспериментальной и клинической медицины АН Латвийской ССР и заведующего лабораторией морфологии, которой руководил до 1978 г. В 1952 году он стал директором этого института, возглавляя до 1971 года. В 1952-53 гг. он руководил кафедрой анатомии латвийского института физической культуры, с 1953 по 1972 год он являлся заведующим кафедрой биологии Рижского медицинского института по совместительству. С 1978 г. до последних дней жизни – старшим научным сотрудником-консультантом Латвийского НИИ экспериментальной и клинической медицины МЗ Латвийской ССР.
Государственные наградами П.Я. Герке: орден Трудового Красного Знамени, Отечественной войны 2-й степени, медали «За доблестный труд в Великой отечественной войне», «За доблестный труд в ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина», «Ветеран труда», три Почетные грамоты Президиума Верховного Совета Латвийской и Белорусской ССР.