В 1969 г. окончил Молодечненское медицинское училище, в течение года работал фельдшером в Минском локомотивном депо. C 1970 по 1972 г. служба в рядах Советской Армии. В 1979 году закончил лечебный факультет Минского медицинского института и интернатуру по общей хирургии на базе Молодечненской городской больницы в 1980 году.
С1980 по 1984 г. работал хирургом в Молодечненской городской детской больнице. В 1984 г перешел в Центр детской хирургии 1-й городской клинической больницы Минска, где в 1989—1990 гг. возглавлял отделение плановой хирургии.
В 1990 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Аутотрансплантация ткани селезенки при травматических повреждениях ее у детей».
Медицинский стаж составляет 44 года, врачебный – 34, стаж преподавательской работы – 23 года.
Имеет высшую квалификационную категорию врач-хирург. Василий Иванович неоднократно стажировался в клиниках Германии (Зиген, Берлин).
В 2007 г. защитил докторскую диссертацию на тему «Хирургическое лечение экстрофии мочевого пузыря у детей», в 2011 году присвоено звание профессора.
Сфера научно-практических интересов кафедры, возглавляемой Василием Ивановичем, разнообразна: хирургия пороков развития, торакальная, абдоминальная, видеоэндоскопическая, гнойно-септическая хирургия. Кафедра сотрудничает с рядом медицинских учреждений России, Украины, Польши, Германии, США, Австрии. В. И. Аверин инициировал проведение в 2005, 2007, 2010 и 2013 гг. научно-практических конференций по детской хирургии в Беларуси с участием зарубежных коллег.
Наряду с педагогической и научной деятельностью В. И. Аверин ведет большую лечебную работу, ежегодно выполняет более 250 наиболее сложных операций детям с различной патологией.
Лечебно-консультативную работу ведет во всех отделениях Детского хирургического центра, детской инфекционной больнице, во всех роддомах г. Минска, выезжает по заданиям Республиканской санитарной авиации. Выполняет неотложные и реконструктивно-пластические хирургические вмешательства, как у новорожденных, так и у детей старшего возраста. Владеет современными диагностическими и лечебными методиками при оказании хирургической помощи больным с травмами органов брюшной полости, травматическими повреждениями опорно-двигательного аппарата, при всех врожденных пороках развития, гнойно-воспалительных заболеваниях и всем спектром лапароскопических операций. Проводит учебно-методическую работу с врачами - педиатрами городских поликлиник. Профессор Аверин В.И. является автором 266 научных работ. В том числе 2 монографии, 3 инструкции по применению Минздрава РБ, 8 учебно-методических пособий, 15 учебных программ. Получено 5 патентов на изобретения, 1 удостоверение 1-ой клинической больницы на рационализаторское предложение, 21 акт внедрения в лечебно-профилактических учреждениях Беларуси на новые методы лечения.
Под его руководством защищено 3 кандидатские диссертации.
По материалам научных исследований и практических разработок сделано 77 докладов на конгрессах, съездах, конференциях.
Профессор В.И. Аверин является членом экспертного совета ВАК по хирургии, членом правления общества хирургов Беларуси и Европейского общества детских хирургов, входит в редакционный совет 4 республиканских и в редакционную коллегию 2 российских журналов. С 2002 года является главным внештатным специалистом по детской хирургии Министерства Здравоохранения Республики Беларусь.
За достижения в практической и научной деятельности В. И. Аверин награжден знаком «Отличник здравоохранения», почетными грамотами Министерства здравоохранения Республики Беларусь, Минского городского комитета здравоохранения и Белорусского государственного медицинского университета, являлся стипендиатом Президента Республики Беларусь.